La EFF ha puesto en evidencia las carencias de seguridad de la aplicación, aunque no es la única que falla en la protección de datos.
Un informe elaborado por Electronic Frountier Foundation (EFF) ha señalado que WhatsApp carece de las políticas más básicas para mantener los datos de sus usuarios privados, es incapaz de informar a quienes usan el servicio cuando un país está interesado en las conversaciones y parece no tener problemas en entregar dichas conversaciones.